HUS Diagnostiikkakeskus

Tutkimusohjekirjan etusivulle

Noonanin oireyhtymän geenipaneeli, verestä

23179 B -NoonMut

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Yhteyshenkilöt

sairaalageneetikko Christa Schmidt: christa.schmidtathus.fi / 040 6265278 ja erikoislääkäri Reetta Soininen: reetta.soininenathus.fi / 0401626137

Indikaatiot

Noonan -oireyhtymän diagnostiikka, kun suvun mutaatio on tuntematon. Kun suvun mutaatio tunnetaan, sukuun kuuluvan henkilön tutkimus pyydetään kohdennettuna (tutkimusnumero 20464 B-SEKVY-D).

Näyteastia

EDTA-putki 3 x 10 ml

Näyte

3-5 ml EDTA-verta (pieniltä lapsilta minimi näytemäärä on 1 ml EDTA-verta). Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytteen voi säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk. Lähetys: Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi).

Tulokset valmiina

Kuukauden kuluessa

Yleistä

Noonanin oireyhtymä on monimuotoinen, geneettinen oireyhtymä, jossa tavallisimpia piirteitä ovat mm. lievä lyhytkasvuisuus, synnynnäiset sydänviat (kuten pulmonaalistenoosi ja hypertrofinen kardiomyopatia) ja tyypilliset kasvojen ja kehon rakenteen piirteet, sekä mahdolliset oppimisen ongelmat. Noin puolella Noonan-epäilyistä mutaatio löytyy PTPN11-nimisestä geenistä, reilulla 10 %:lla SOS1-geenistä ja geeneistä RAF1, RIT1, KRAS, NRAS, BRAF ja MAP2K1 kustakin muutamalla prosentilla. Käytetyn geenipaneelin joistain muista geeneistä saattaa niin ikään löytyä mutaatio, jolloin kysymyksessä on jokin Noonanin oireyhtymää muistuttava muu oireisto. Pienellä osalla niistä henkilöistä, joilla on useita Noonan-oireyhtymän tyyppipiirteitä, tautia aiheuttavaa mutaatiota ei pystytä nykytekniikoin löytämään. Noonanin oireyhtymään liittyvät geenit toimivat yhdessä osana erästä soluissa tapahtuvaa tärkeää toimintaketjua, josta käytetään mm. nimeä RAS-MAPK-polku (RAS-MAPK-pathway). Eräät muut saman toimintaketjun virheisiin liittyvät taudit muistuttavat jonkin verran Noonanin oireyhtymää. Tällaisia ovat mm. neurofibromatoosi sekä CFC- ja Costello- oireyhtymät. Nämä ovat kuitenkin selvästi eri oireyhtymiä kuin Noonan. Oireyhtymä on perinnöllinen ja voi periytyä sukupolvesta toiseen, mutta moni henkilö on saanut oireyhtymänsä satunnaisen geenivirheen seurauksena ensimmäisenä suvussaan.

Tulkinta

Tutkimuksessa analysoidaan 20 Noonanin oireyhtymään liitettyä geeniä (BRAF, CBL, CDC42, EPHB4, HRAS, KRAS, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, MRAS, NF1, NRAS, PPP1CB, PTPN11, RAF1, RIT1, RRAS2, SHOC2, SOS1 ja SOS2) sekvensoimalla. Kyseisistä geeneistä tutkitaan proteiinia koodaavat alueet ja silmukointiin vaikuttavat alueet (+/-20 bp). Lisäksi pystytään arvioimaan joitakin aiemmin tunnistettuja, syvemmällä intronialueilla sijaitsevia muutoksia. Lausunnossa ilmoitetaan tutkitut alueet, peitto kohdealueilla ja todettu mutaatio. Lisäksi ilmoitetaan kliiniseltä merkitykseltään epäselvät muutokset. Tunnetut ituradassa esiintyvät polymorfiat sekä todennäköisesti harmittomiksi arvioidut ja aminohappoa muuttamattomat ns. hiljaiset tai introniset muutokset jätetään lausumatta. NGS-menetelmään perustuva sekvensointitutkimus ei pysty tunnistamaan kaikkia perimän tautia-aiheuttavia muutoksia (esim. toistojaksomutaatiot, kopiolukumuutokset, uudelleenjärjestäytymät, matala-asteiset mosaiikkimuotoiset muutokset).

Huomautuksia

Kiireellisestä tutkimuksesta on oltava erikseen etukäteen yhteydessä Genetiikan laboratorioon ja tiedusteltava, onko mahdollista tehdä tutkimus kiireellisenä. Mikäli HUSLAB genetiikan laboratorio ei pysty tekemään tutkimusta itse kiireellisenä, hankitaan kiireellinen tutkimus alihankintana Fulgent Genetics -laboratoriosta. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä. Paneeli ei sovi neurofibromatoosin diagnostiikkaan, sillä SPRED1-geeni ja kaikki sairauden yhteydessä kuvatut introniset muutokset eivät ole paneelissa katettu. Lisätietoja soveltuvan tutkimuksen valinnasta voi kysyä Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 1626137 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Tutkimus B -NoonMut päivitetty 02.06.2022 / CS

Sivun alkuun

Viimeisin päivitys: 11.08.2022 klo 01:25.