HUS Diagnostiikkakeskus

Tutkimusohjekirjan etusivulle

Eksomisekvensointi, kudosnäytteestä

21810 Ts-ExSeq-D

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai Genetiikanlaboratorio(at)hus.fi

Yhteyshenkilöt

erikoislääkäri Pia Alhopuro: pia.alhopuroathus.fi / 0504287259, sairaalageneetikko Kaisa Kettunen: kaisa.kettunenathus.fi / 040 6288187 ja erikoislääkäri Liisa Viitasalo: liisa.viitasaloathus.fi / 050 4394367

Indikaatiot

Perimän koodaavien alueiden (eksonien) sekvensointi, kun potilaan diagnoosi on avoin.

Näyte

Tutkimus voidaan tehdä eri kudosnäytteistä, kuten parafiinileikkeestä tai tuorekudospalasta. Kudospala ravintonesteessä tai suolaliuoksessa. Meilahden alueella otettu näyte lähetetään välittömästi Genetiikan laboratorioon (putkipostiasema HUSLAB-talon moniajoasema 6300). Meilahden ulkopuolelta tuleva näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB-talo, Näytteiden vastaanotto, Topeliuksenkatu 32, Tunnus 5000493, Info MNVO, 00006 VASTAUSLÄHETYS.

Menetelmä

NGS (next generation sequencing, massiivinen rinnakkaissekvensointi). Akkreditoitu menetelmä.

Akkreditoitu testauslaboratorio T055

Tulokset valmiina

8 viikon kuluessa näyteen saapumisesta. Tietyissä tilanteissa eksomisekvensoinnin tulos varmistetaan joko Sanger-sekvensoinnilla tai ddPCR-menetelmällä, jolloin vastausaika voi olla pidempi (esim matala lukupeitto, insertio/deleetio, manuaalitar kastelussa epävarmuus). Eksomitutkimuslausunto annetaan vasta mahdollisen varmistustutkimuksen valmistuttua.

Tulkinta

Tutkimus sisältää sekvenssimuutosten analysoinnin. Analyysissä voidaan tunnistaa yhden emäksen muutokset (single nucleotide variant), pienet (< 150 bp) insertiot ja deleetiot, silmukoitumisalueen välittömässä läheisyydessä (+/-8 bp) sijaitsevat muutokset. Lisäksi pystytään arvioimaan joitakin aiemmin tunnistettuja, syvemmällä intronialueilla sijaitsevia muutoksia.

NGS-menetelmään perustuva sekvensointitutkimus ei pysty tunnistamaan kaikkia perimän tautia-aiheuttavia muutoksia (esim. toistojaksomutaatiot, kopiolukumuutokset, uudelleenjärjestäytymät, matala-asteiset mosaiikkimuotoiset muutokset). Tietyillä genomisilla alueilla (esim. nk. pseudogeenialueet) käytetty menetelmä ei pysty luotettavasti tunnistamaan perimän muutoksia.

Parafiinileikkeiden osalta on lisäksi huomioitava, että lähtömateriaalin laatu voi vaikuttaa sekvensointituloksen kattavuuteen ja siten muutosten havaitsemisen varmuuteen.

Analyysi kohdennetaan ensisijaisesti kliinisesti merkittävälle kohdealueelle (OMIM-geenit) ja geeneihin, jotka saatujen esitietojen perusteella mahdollisesti liittyvät potilaan kliiniseen ilmiasuun ja oirekuvaan.

Suodatettujen varianttien merkitystä suhteessa esitiedoissa annettuihin fenotyyppitietoihin arvioidaan ja muutokset luokitellaan ACMG-kriteereihin perustuvalla viisiportaisella luokittelulla (5. patogeeninen, 4. todennäköisesti patogeeninen, 3. VUS = kliiniseltä merkitykseltään avoin (variant of unknown significance), 2. todennäköisesti harmiton ja 1. harmiton). Potilaan esitiedoissa ilmoitettuun ilmiasuun mahdollisesti sopivat patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset ja kliiniseltä merkitykseltään avoimet variantit (VUS) raportoidaan. Peittyvästi periytyvien sairauksien kantajuuksia, monitekijäisten tautien riskialleeleita tai lääkeainemetaboliaan vaikuttavia geenimuutoksia ei raportoida.

ACMG-sivulöydökset

Tutkittavan niin toivoessa, analysoidaan myös ACMG SF v3.0 -sivulöydöslistan geenit, ja lausunnossa raportoidaan sellaiset muutokset, jotka voidaan selvästi luokitella patogeenisiksi tai todennäköisesti patogeenisiksi.

Huomautuksia

Tilaajan tulee täyttää yhdessä potilaan kanssa suostumuslomake (informed consent) ennen tutkimuksen tilaamista. Täytetty ja allekirjoitettu suostumuslomake toimitetaan HUSLAB Genetiikan laboratorioon postitse (HUSLAB Genetiikan laboratorio, PL 720, 00029 HUS) tai faksilla (09-471 74001).

Suostumus eksomisekvensointiin

Samtycke till exomsekvensering

Consent for exome sequencing

Kiireellisestä tutkimuksesta on oltava erikseen etukäteen yhteydessä Genetiikan laboratorioon ja tiedusteltava, onko mahdollista tehdä tutkimus kiireellisenä. Mikäli HUSLAB genetiikan laboratorio ei pysty tekemään tutkimusta itse kiireellisenä, hankitaan kiireellinen tutkimus alihankintana. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä.

Tulkinnan kannalta on välttämätöntä kuvata kliiniset esitiedot ja sukuhistoria mahdollisimman tarkasti.

Vanhempien näytteiden tutkiminen yhdessä potilaan näytteen kanssa (nk. trio-eksomi) parantaa mahdollisuutta oikeaan molekyyligeneettiseen löydökseen pääsemiseen ja vähentää merkitykseltään avoimien muutosten raportointia. Mikäli halutaan tutkia myös vanhempien näytteet, potilaan tutkimus tilataan tutkimusnumerolla 23130 (Ts-ExTri-D) ja vanhempien tutkimukset tutkimusnumerolla 23140 (B-ExKon-D).

Tämä tutkimusnimike käsittää vain eksomisekvensoinnin ja sekvenssimuutosten havaitsemisen. Mikäli halutaan tehdä myös molekyylikaryotyypitys suurempien kopiolukumuutosten tunnistamiseksi, tulee se tilata erikseen tutkimusnumerolla 20845 (B-MKSyn). Mikäli halutaan myös mitokondrio-DNA:n läpisekvensointi, tulee se tilata erikseen tutkimusnumerolla 22064 (B-NGSmMT2).

Tutkimus Ts-ExSeq-D päivitetty 04.02.2022 / AT

Sivun alkuun

Viimeisin päivitys: 13.08.2022 klo 01:26.