Tutkimusohjekirjan etusivu. Hakemisto erikoisalan, nimen, lyhenteen tai tutkimusnumeron mukaan
Kystisen fibroosin geeni, 36 yleiseurooppalaista geenivirhettä kudosnäytteestä
| 1758 | Ts-CFTR-D |
Tiedustelut
Molekyyligenetiikan laboratorio, puh. 09 471 74339 toimisto tai 09 471 75905 lääkäri tai molgenlab(at)hus.fi
Yhteyshenkilöt
lääkäri Kristiina Aittomäki: kristiina.aittomaki
hus.fi / (09) 471 72187 / (050) 427 1406 ja kemisti Arto Orpana: molgenlabhus.fi / (09) 471 74309 / 050 427 0647
Lähete
Indikaatiot
Riskiraskaudet
Näyteastia
Eppendorf-putki
Näyte
Istukka- tai solunäyte suositellaan toimitettavaksi eristettynä DNAna, joka voidaan lähettää huoneenlämpöisenä. Eristämätön näyte lähetetään jääkaappilämpöisenä kylmävaraajilla varustettuna styrox-laatikossa.
Näyte toimitetaan osoitteella HUSLAB, Molekyyligenetiikan laboratorio, Naistenklinikka, C-siipi, 5. krs, PL 140, 00029 HUS.
Menetelmä
Kystinen fibroosi, kaupalliset LiPA -kitit. Akkreditoitu menetelmä.
Tulokset valmiina
Kolmen kuukauden kuluessa näytteen saapumisesta.
Yleistä
Kystinen fibroosi (CF) on yleisin peittyvästi periytyvä sairaus länsimaissa. Taudin oireista tyypillisimpiä ovat krooniset keuhkoinfektiot, eksokriinisen haiman vajaatoiminta, vastasyntyneen suolisto-ongelmat ja miehen hedelmättömyys synnynnäisen molemminpuolisen siemenjohtimen puutoksen (CBAVD) vuoksi. Kystinen fibroosi aiheutuu mutaatioista CFTR-geenissä, jossa on kuvattu tähän mennessä yli 1300 erilaista mutaatiota. Tutkimus kattaa 36 yleisintä mutaatiota Euroopassa. Näytteet analysoidaan INNO-LiPA-menetelmällä seuraavien geenivirheiden suhteen (aiemmin käytetty nimi suluissa): c.1521_1523delCTT / p.Phe508del (F508del), c.1624G>T / p.Gly542X (G542X), c.3909C>G / p.Asn1303Lys (N1303K), c.3846G>A / p.Trp1282X (W1282X), c.1652G>A / p.Gly551Asp (G551D), c.1585-1G>A (1717-1G>A), c.1657C>T / p.Arg553X (R553X), CFTRdele2,3 (21kb), c.1519_1521delATC / p.Ile507del (I507del), c.579+1G>T (711+1G>T), c.3140-26A>G (3272-26A>G), c.3773dupT / p.Leu1258PhefsX7 (3905insT), c.1679G>C / p.Arg560Thr (R560T), c.1766+1G>A (1898+1G>A), c.3752G>A / p.Ser1251Asn (S1251N), c.443T>C / p.Ile148Thr (I148T), c.3067_3072del / p.Ile1023_Val1024del (3199del6), c.2988+1G>A (3120+1G>A), c.1654C>T / p.Gln552X (Q552X), c.489+1G>T (621+1G>T), c.3717+12191C>T (3849+10kbC>T), c.2051_2052delAAinsG / p.Lys684SerfsX38 (2183AA>G), c.262_263delTT / p.Leu88IlefsX22 (394delTT), c.2657+5G>A (2789+5G>A), c.3484C>T / p.Arg1162X (R1162X), c.3528delC / p.Lys1177SerfsX15
(3659delC), c.350G>A / p.Arg117His (R117H), c.1000C>T / p.Arg334Trp (R334W), c.1040G>C / p.Arg347Pro (R347P), c.254G>A / p.Gly85Glu (G85E), c.948delT / p.Phe316LeufsX12 (1078delT), c.1364C>A / p.Ala455Glu (A455E), c.2012delT / p.Leu671X (2143delT), c.178G>T / p.Glu60X (E60X), c.2052delA / p.Lys684AsnfsX38 (2184delA), c.579+5G>A (711+5G>A). Näistä mutaatioista 14 on löytynyt suomalaisilta CF-potilailta ja ne kattavat noin 85% suomalaisten potilaiden CFTR-mutaatioista.
Tulkinta
Tutkimuksessa analysoidaan yllämainitut 36 yleisintä CFTR-geenin mutaatiota sekä polymorfiset T-variantit 5T, 7T ja 9T. Mutaation löytyminen molemmista geenikopioista homotsygoottisena tai heterotsygoottisena yhdessä toisen mutaation kanssa (ns. yhdistelmäheterotsygotia) varmistaa kystisen fibroosin diagnoosin. Mutaation löytyminen heterotsygoottisena eli vain toisessa CFTR-geenikopiossa osoittaa terveellä henkilöllä taudin kantajuuden. Oireisella henkilöllä tulee ottaa huomioon jonkin muun mutaation mahdollisuus, koska analysoitavat mutaatiot kattavat noin 85% suomalaisten potilaiden CFTR mutaatioista. Synnynnäisessä molemminpuolisessa siemenjohtimen puutoksessa noin 80%:lla potilaista löytyy mutaatio kystistä fibroosia aiheuttavasta CFTR-geenistä. Suurimmalla osalla CBAVD-potilaista löydetään kaksi CFTR-mutaatiota, mutta pienellä osalla mutaatio löytyy vain toisesta CFTR-geenistä.
Huomautuksia
Kiireellisestä tutkimuksesta (tulos viiden arkipäivän sisällä) on ilmoitettava etukäteen laboratorioon ja kiireellisyys on merkittävä selvästi lähetteeseen. Tutkimuksesta peritään kiireellisyyslisä eikä jatkotutkimuksia tehdä kiireellisinä ilman erillistä pyyntöä.
c.443T>C / p.Ile148Thr (I148T) muutosta ei nykykäsityksen mukaan tulisi pitää tautia aiheuttavana mutaationa.
Päivitetty 15.11.2010 / MP